cfDNA(Circulating free DNA)简称循环游离DNA,是指循环血中游离于细胞外的部分降解了的机体内源性DNA。正常生理情况下,cfDNA主要来源于衰老凋亡细胞基因组DNA的降解,当机体发生疾病时,如恶性肿瘤、外伤、器官移植排异、组织器官衰竭和感染重大疾病等,异常坏死细胞会释放大量DNA进入血液循环。
图1.cfDNA的来源
游离核酸(cfDNA)是一类高度片段化的 DNA分子,片段分析则呈现 170bp 左右的一个主峰、340bp 左右的一个伴峰、510bp 左右的一个次伴峰以及其他伴峰。
图2.cfDNA的特点
目前已经在血浆、血清、尿液、前列腺液、支气管灌洗液、唾液、脑脊液、胃液、胆汁、淋巴液、腹腔液及类便中检测到了游离循环核酸。随着精准医疗时代技术的发展,越来越多的研究者和医生将基于cfDNA检测的”液态活检”技术应用于产前诊断,肿瘤的筛查,早期诊断,治疗监测和预后评估等多个方面。
为了克服cfDNA在血浆样本中微量、片段短的痛点和难点,翌圣全新推出MolPure® Magnetic Circulating Cell-Free DNA Kit(18382ES),该产品适用于从0.3-4 mL的血浆、血清样本中的提取游离DNA。
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提取得率高:相同样本提取的核酸浓度高,尤其对短片段的回收效率高;
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提取样本质量好:提取的核酸建库,文库质量高;
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样本适用性强:能够适用于0.3-4mL体积的血浆样本游离DNA提取,兼容游离DNA保存用采血管或普通EDTA采血管采集样本。
采用400 ng梯状条带 DNA Lader 分别添加入1 mL模拟血浆和1 mL TE buffer中,并以模拟血浆未加DNA Lader作为阴性对照,如图4所示,18382ES在不同模拟基质样本中,回收率均在90%以上。
图4.18382对不同片段长度DNA的提取能力
3个EDTA抗凝的健康人血浆样本采用18382ES和竞品A提取cfDNA,采用Hieff NGSTM DNA Library Prep Kit(13577ES)对cfDNA进行建库,不同样本不同提取试剂的文库浓度和数据质量如图5所示,18382提取cfDNA在文库浓度、数据质量和插入片段与竞品A相当。
图5.18382提取cfDNA的文库构建数据质量
将5%突变频率Kars12D标准品梯度稀释为1 ng/uL,制备成模拟cfDNA 。取 10μL 并用 1 mL 血浆稀释成模拟样本,采用18382ES和竞品A提取模拟cfDNA,取2µL cfDNA进行qPCR定量检测(11211ES),如图6所示,低至6 copies/mL的突变片段,18382ES提取之后未出现漏检的情况。
图6.18382提取含低频突变的模拟cfDNA样本,低频突变检出率分析
产品名称 |
产品货号 |
产品规格 |
MolPure® Magnetic Circulating Cell-Free DNA Kit血浆、血清游离DNA提取试剂盒 |
18382ES20 |
20 T |
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18382ES50 |
50 T |
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18382ES70 |
200T |