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精品推荐│热稳定性更强的Bst DNA聚合酶,让等温扩增更灵敏、更便捷

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2023-09-20T00:00 (访问量:10577)

近年来,等温扩增技术因其无需专用的仪器设备、扩增时间短、灵敏度高等特点,在现场检测和即时诊断中显示了良好的应用前景。其中,环介导等温扩增技术(loop mediated isothermal amplification, LAMP)使用具有链置换特性的Bst DNA聚合酶,可在恒温条件(60-65℃)下高效、快速、特异性扩增靶标序列,在15-60 min内即可实现109-1010倍的扩增,目前已广泛应用于临床传染病诊断、环境监测、食品安全检测等领域。

 

表1. 常规PCR技术与等温扩增技术对比

 

LAMP检测方法分为多种,包括比浊法、pH显色法、荧光染料法(如NHB、钙黄绿素、SYBR Green、Syto等)、荧光探针法等,以上所有的方法都会用到关键核心酶原料Bst DNA聚合酶。

 

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翌圣Bst DNA聚合酶
翌圣生物Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)是将缺少5′→3′外切核酸酶结构域的Thermophilic Geobacillus sp DNA聚合酶基因在E.coli中表达纯化而得。该Bst DNA聚合酶链置换能力强,具备高灵敏度、高扩增效率、高dUTP耐受性的优势,可广泛应用于基于等温扩增技术的病原体即时检测。

 

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灵敏度低至50 copies/T,反应时间<15 min(荧光定量RT-LAMP法)
 
 
使用翌圣Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)进行RT-LAMP反应,扩增新冠假病毒模板(50 copies/T),重复20次实验。结果显示25 μL反应体系中,50 copies/T的检出率达100%,反应时间<15 min。

 

图1. 翌圣Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)检测灵敏度测试结果

 

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高dUTP耐受性
 
 
使用翌圣Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)进行RT-LAMP反应,扩增新冠假病毒模板(20 copies/T)。在推荐反应方案中引入dUTP/UDG酶防污染系统,使用dUTP替换dTTP。对比全U(35 mM)替换(红色扩增曲线)与T:U = 1:1(蓝色扩增曲线)的扩增结果发现,在反应体系中添加dUTP对Hieff® Bst Plus DNA Polymerase的灵敏度及扩增效率无影响,该酶具有较高的dUTP耐受性。

 

图2. 翌圣Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)高dUTP耐受性验证结果

 

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稳定性好
 
 
使用Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)搭配Hifair® III Reverse Transcriptase (Cat#11111ES)配制成RT-LAMP试剂,在37℃下放置5天测试加速稳定性,在-20℃反复冻融测试冻融稳定性,结果显示,RT-LAMP试剂在37℃加速5天,反复冻融10次性能稳定。

图3. 翌圣Hieff® Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)稳定性验证结果

 

目前LAMP反应推荐温度为60-65℃,在该温度下,存在靶标核酸模板变性不彻底,样本中存在的抑制剂难以被灭活等问题,从而可能造成模板利用率不高或模板被降解等现象,最终导致LAMP检测灵敏度受限。众多研究表明,提高LAMP反应温度可以提升灵敏度[1],减少原始临床样本的扩增抑制[2-3]。LAMP反应的温度主要受限于Bst DNA聚合酶的热稳定性,因此开发热稳定性提升的Bst DNA聚合酶对LAMP技术升级具有重要意义。

 

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翌圣耐热Bst DNA聚合酶
为了获得适用于更高温度LAMP/RT-LAMP实验的Bst DNA聚合酶,翌圣ZymeEditor™酶改造平台对Bst DNA聚合酶进行了定向改造,目前已获得多个耐热Bst DNA聚合酶优势突变体,提升了Bst DNA聚合酶在70℃高温RT-LAMP中的扩增性能,可为期望提升LAMP实验灵敏度和开发免提取LAMP/RT-LAMP产品的客户提供测试装。
 

图4. 通过改造Bst DNA 聚合酶的热稳定性,相比母本,突变体M22的Tm值提高了2.9℃,能耐受70℃高温RT-LAMP反应

 
 
翌圣LAMP相关产品选择指南

产品定位

产品名称

产品货号

高灵敏度Bst酶

Hieff® Bst Plus DNA Polymerase (40 U/μL)

14402ES

适合RT-Lamp的逆转录酶

Hifair® III Reverse Transcriptase (200 U/μL)

11111ES

RNase抑制剂

Murine RNase inhibitor (40 U/μL)

10603ES

防污染UDG酶

UCF.ME® Uracil DNA Glycosylase(UDG/UNG), heat-labile, 1 U/μL

14466ES

荧光染料法RT-Lamp试剂盒

RT-LAMP Dye Assay Kit (UDG plus)

13762ES

pH指示剂法RT-Lamp试剂盒

RT-LAMP pH Sensitive Dyestuff Kit

13906ES

注:翌圣单酶系列均可提供高低浓度、无甘油等不同产品形式。

 

参考文献

[1] Njiru ZK, Mikosza AS, Matovu E, et al. African trypanosomiasis: sensitive and rapid detection of the sub-genus Trypanozoon by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of parasite DNA. Int J Parasitol. 2008;38(5):589-599. doi:10.1016/j.ijpara.2007.09.006.

[2] Verkooyen RP, Luijendijk A, Huisman WM, et al. Detection of PCR inhibitors in cervical specimens by using the AMPLICOR Chlamydia trachomatis assay. J Clin Microbiol. 1996;34(12):3072-3074. doi:10.1128/jcm.34.12.3072-3074.1996.

[3] Fereidouni SR, Starick E, Ziller M, et al. Sample preparation for avian and porcine influenza virus cDNA amplification simplified: Boiling vs. conventional RNA extraction. J Virol Methods. 2015;221:62-67. doi:10.1016/j.jviromet.2015.04.021.

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