染色体水平的缺失、重复等变化是细胞遗传学研究的热点。以往科学家运用核型分析、荧光原位杂交（FISH）等技术已获得染色体结构变异的许多可贵进展，但这些传统技术分辨率低、且只能定性分析。Affymetrix推出CytoScanTM HD细胞遗传学芯片解决了上述问题，能够在全基因组范围内高分辨率的检测DNA拷贝数的变异。
一、产品亮点：
1. 目前密度较高的细胞遗传学芯片。含有超过270万种探针，同时具备CNV探针和SNP探针，包括 75万个SNP探针和195万个拷贝数探针。CNV探针平均覆盖全基因组，对于＞40kb的基因组结构变异检出率达99%。SNP探针进行SNP分型的准确率高于99%。
2. 不但能检测基因缺失、重复，还能检测杂合性缺失（LOH，loss of heterozygosity）和单亲源二体（UPD，uniparental isodisomy）
3. 基因覆盖全面。百分百覆盖ISCA constitutional genes、Sanger cancer genes，同时覆盖96%的RefSeq genes。
二、CytoScanTM HD芯片具体参数：
基因覆盖情况：
三、服务相关
样品要求
1. 样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间, A260/A230 > 1.5；RNA 应该去除干净；不含有其它个体或其它物种的DNA污染。
2. 样品浓度：浓度不低于55ng/µl；
3. 样品总量：每个样品总量不少于1µg 。
4．样品溶剂：溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA)中。
5. 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；
服务流程
四、CytoScanTM HD芯片数据分析流程：
Affymetrix基因芯片数据分析流程图
数据分析说明：
Affymetrix Genechip Scaner产生的原始数据Cel文件，经过Affymetrix自带软件AGCC(Affymetrix GeneChip Convert Console)将Cel文件转换成Cychp文件，Cychp文件用Affymetrix自带软件CHAS(Chromosome Analysis Suite)分析。通过和各种数据库结合，每个患者CNV的性质根据一系列完整的流程分成四类：临床致病性CNV（Variation of clinic significance, VCS）、临床可能致病性（Variation of possible significance, VPS）、不能解释(Variation of unknown,VUS)以及良性CNV（Benign CNV）。
基本分析
图 1 单个样本的每个染色体的CNV与LOH展示。其中CNV用蓝色（扩增）与红色（缺失）表示，LOH用紫色表示。
也可将多个样本的CNV及LOH结果分别展示，可以比较多个样本间的CNV及LOH的差异：
图 2 多个样本的CNV及LOH展示图。本图为多个样本的LOH结果展示。
log2Ratio和Allele difference 总图
图 3每个样本log2Ratio和Allele difference 总图。
高级分析结果
图 4 GISTIC软件对各样本的CNV作图，展示各样本拷贝数变异在不同染色体上的分布。
五、应用案例
用基因芯片技术揭示慢性淋巴细胞白血病与10q24.32复发性等位基因缺失有关
在2012年3月美国遗传医学学院会议上，犹他大学与ARUP公司诊断实验室做了联合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴细胞白血病与10q24.32复发性等位基因缺失有关的报告。慢性淋巴细胞白血病具有非常多样化的临床表型。而通过染色体的畸变类型可以判断病人属于哪种CLL亚型，评估预后以及检测残留病灶，所以正确识别相关的畸变对于病人管理具有非常重要的意义。基因芯片之所以在CLL预后的重要性中获得认可，是因为其在检测拷贝数变异（CNVs）方面具有非常高的分辨率。
此项研究中，10例CLL样本全部由CytoScan HD（Affymetrix）芯片检测CNVs。其中两个独立的样本中都发现了10q24.32的微观间质性缺失。这两个样本中检测到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失区域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MT及CNNM2基因。而另一个案例检测到的10q末端缺失伴有10q24.1的断裂点。在这些基因当中，SUFU是肿瘤抑制基因，TRIM8是生长抑制基因。它们可能是该临床显著缺失区域的候选基因。
随后，为了调查这些缺失是否是CLL的普遍变化，该小组又用荧光原位杂交（Fluorescence in Situ Hybridization，FISH）的方法针对SUFU和TRIM8基因设计探针，验证了20余个CLL样本。FISH结果显示该区域的缺失在其中3例样本中有发现，而在30例样本中的总数为6个（达到20%，包括10q的大片段缺失）。类似的缺失在采用全基因组芯片对23例急性淋巴细胞白血病样本进行的分析中没有发现。这些缺失在DGV数据库中同样没有General population注释，是全新的发现。
原文：Genomic microarray analysis of chronic lymphocytic leukemia reveals a recurrent monoallelic deletion of 10q24.32. American College of Medical Genetics (ACMG) 2012, 29 March 2012, Abst #139.
CytoScan HD 芯片服务应用案例
Affymetrix CytoScan HD Array