Uracil-Specific Excision Reagent是由尿嘧啶DNA糖基化酶(Uracil DNA Glycosylase, UDG)和核酸内切酶 Ⅷ(Endonuclease VIII, Endo Ⅷ)(戳链接了解详情)两种酶混合而成。UDG识别ssDNA或dsDNA上的dU碱基并形成AP位点,但磷酸二酯骨架结构保持完整。Endo VIII的裂解酶活性能够使AP位点的3′和5′端的磷酸二酯键断裂,释放无碱基的脱氧核糖,形成单核苷酸间隙。因此,Uracil-Specific Excision Reagent(尿嘧啶-特异性切除试剂)能作用于DNA上的dU位置,产生一个单核苷酸缺口,适用于ssDNA、dsDNA及环状DNA,满足各类特异性切割dU碱基的实验需求。
图1. 切割dU碱基示意图
图2. 常规RNA建库与链特异性文库构建对比[1]
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1、PCR引物5′端具有重叠序列,包含一个dU碱基,该碱基在与5′末端6- 10 nt距离处取代dT;
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2、通过PCR在目标DNA分子和克隆载体之间生成6-10个碱基的同源性片段,并且每个PCR产物的5'端被引入了一个dU;
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3、使用Uracil-Specific Excision Reagent处理PCR片段,在每个dU位置形成单核苷酸缺口,产生适合于PCR片段定向组装的3´单链延伸;
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4、退火延伸完成组装。
图3. 克隆示意图
翌圣基于分子酶改造平台——ZymeEditor™,经重组表达获得高纯度、无核酸酶残留的Endo VIII(Cat#14536ES)与UDG(Cat#14455ES),并按照一定比例混合两种酶产品,形成翌圣Uracil-Specific Excision Reagent(Cat#14537ES)。翌圣Uracil-Specific Excision Reagent无核酸酶、RNase残留,与进口品牌N*的切除效果一致。
图4. 切除效果对比