给各位小伙伴们推荐精品之前,小翌先给大家出一道最近小翌碰到的问题╰(*°▽°*)╯
问:已知Taq DNA酶的最适变性和退火时间为30秒,最适延伸速度是60秒/kb,推荐循环数为35个循环,在克隆实验中小翌合成5 kb长的DNA片段理论上需要多久呢?
A. 理论上大概要3个小时左右
B. 理论上大概要4个小时左右
C. 理论上大概要5个小时左右
D. 理论上3分钟,安排师弟做(→ܫ←)
答案
B:预变性5 min+(变性30s+退火30s+延伸5min)×35+终延伸10min=225min
实际上小翌用这类Taq DNA酶合成5 kb的片段时,都不止4个小时,PCR仪器本身还有自己的升降温时间。试想一下,合成5 kb大小的DNA片段加上电泳验证,小翌要花一个下午才能确认(。_。)。除此之外,还有个潜在的风险,那就是辛辛苦苦花一下午合成的片段大小对了,序列不对,有部分碱基突变!
为避免这种情况的发生,最好的办法是用一个能又快又好合成DNA片段的DNA合成酶(安排小翌的师弟做)。目前出现了不少合成速度快的高保真酶,那高保真酶究竟是什么呢?
高保真DNA聚合酶相比于Taq DNA 聚合酶有所不同,两者最大的区别在于前者具有强校正活性,基于其 3′ → 5′核酸外切酶活性,可校正错误插入的核苷酸。当出现错配的核苷酸时,DNA合成会因为错误的匹配而暂时停止,期间高保真DNA聚合酶将切除错配的核苷酸并使用正确的核苷酸进行替换。
衡量不同高保真DNA聚合酶校正功能的指标是保真度,保真度通常用错配率的倒数表示(保真度=1/错配率),指的是发生错配的核苷酸数量与合成的总核苷酸数的比值,错配率越低则表示保真度越好。
DNA聚合酶保真度的检测方法多种多样,例如蓝白班筛选鉴定、一代测序和二代测序等,使用不同的检测方法结果也会不一样。
特别推荐
2× Hieff Canace® AdvanceFast PCR Master Mix
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高保真好:低错配率,高GC易突变序列中碱基错配比231/300000
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扩增速度快:延伸速度快至5 sec/kb,省时高效
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适用性广:可覆盖20-80%GC含量的基因,耐受小鼠裂解物和20%的血液
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稳定性好:37℃下存放7天,不影响产品性能
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快速简便:只需加入引物和模板即可进行扩增,带有上样染料,可直接电泳
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保真度高,错配率低
以不同物种基因组为模板,选取6段GC rich、极易发生碱基突变/丢失的片段进行扩增,将各自PCR产物克隆至载体,并对每种序列挑取100个单克隆进行测序以确认碱基序列错配/突变情况。结果显示10164ES发生碱基错配/突变的比例优于国内外品牌试剂。
10kb以内片段扩增延伸时间可达5 sec/kb
使用10164ES和不同产品均以5 sec/kb的延伸速度从100 ng人基因组模板扩增不同长度片段(0.4-10 kb),延伸时间均要求为5 sec/kb。结果显示,10164ES在10kb以内的片段均可以5 sec/kb的延伸速度扩增。Marker: Yeasen 10510ES。
可扩增不同GC含量的基因片段
使用10164ES从人gDNA模板中扩增23-76% GC含量片段,延伸时间设置5 sec/kb。结果显示,产品扩增特异性良好,能兼容不同GC含量片段扩增。Marker: Yeasen 10510ES。
可兼容不同类型的模板
使用10164ES从不同样本中扩增不同长度片段,延伸时间设置5-10 sec/kb。结果显示本产品扩增特异性良好,能兼容不同模板的不同片段扩增。
图解:1.小鼠gDNA 1 kb;2.小鼠gDNA 2 kb;3.小鼠gDNA 6 kb;4.玉米gDNA 1 kb;5.水稻gDNA 2 kb-A;6.水稻gDNA 2 kb-B;7.人293细胞cDNA 1 kb;8.人293细胞cDNA 2 kb ;9.人293细胞cDNA 3 kb;10.人293细胞cDNA 12 kb;11.大肠杆菌菌液8 kb;12.大肠杆菌菌液16 kb;13.水稻gDNA 10 kb-A;14.水稻gDNA 10 kb-B;15.水稻gDNA 10 kb-C;16.水稻gDNA 20 kb-A;17.水稻gDNA 20 kb-B;18.人血液直扩3 kb。Marker: Yeasen 10510ES。
用户使用反馈
动物gDNA-120bp-50%GC
客户评价:PCR过程速度快,条带合适,可在琼脂糖电泳中直接上样。进口N品牌的条带偏上,可能是自身的buffer影响,且未添加loading buffer,该产品可替代目前我的实验方案中的高保真酶。
植物cDNA-729bp-45.13%GC
客户评价:与进口T品牌相比,克隆条带更加清晰单一,整个PCR时间也更快,跑胶时不用再额外加染料,非常方便快捷。
微生物gDNA-1158、1953bp-58.8%、52.9%GC
客户评价:与国产V品牌相比,效果相当,个人感觉更佳。
植物cDNA-2000bp-40%GC
客户评价:效果很好,条带清楚。回到开头的问题,若小翌使用这款5秒/kb的快速高保真PCR Mix扩增5 kb的DNA片段用于克隆,理论上大概需要多久?
答案是~
预变性30s+(变性10s+退火5s+延伸25s)×35+终延伸2min=25min50s<<225min ᕙ(`▿´)ᕗ 省时间的同时还减少了错配情况的发生!
翌圣高保真PCR推荐表
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常规克隆感受态 |
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10×100 μL |
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常规克隆感受态 |
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10×100 μL |
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常规条带分离 |
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安全无毒核酸染料 |
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500 μL |