转录组测序，是指通过高通量测序研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的总mRNA。可发现不同生理或者病理状态下的细胞、组织或个体内差异表达的基因，可预测SNP位点及可变剪接，发现新的mRNA isoforms，ncRNA等。
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该芯片包含了干扰素和白细胞介素，以及骨形成蛋白（BMP）和TGF-ß家庭的成员，也包含了血小板来源和血管内皮生长因子基因，肿瘤坏死因子以及其他细胞因子相关基因也包含在内。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测细胞因子相关基因的表
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microRNA是一类小分子非编码RNA，越来越多的研究证实microRNA作为癌症及其他多种疾病的生物标志物，对疾病研究有重要意义。
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炎性基因表达PCR芯片包括编码炎性体组件的基因、炎性体功能发挥的下游信号和抑制基因、其他NLR家庭成员，以及可能形成更多的炎性体和其下游信号的基因。
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乳腺癌基因表达PCR芯片可用于研究与乳腺癌失调、乳腺癌细胞信号转导，及其他生物过程失调有关的84个关键基因的表达。
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高血压基因表达PCR芯片可以用于检测分析与高血压关联的器官和组织，包括：心脏、肾脏、肝脏、肺，以及含有毛细血管和平滑肌的活检组织。
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女性不育信号通路基因表达PCR芯片检测怀孕早期子宫内膜变化相关基因的表达。利用该芯片研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测胚胎着床和女性不育相关的基因表达。
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胰岛素抵抗基因表达PCR芯片包括胰岛素和脂联素信号通路相关的脂肪基因、通常在NIDDM中失调的基因、先天免疫和炎症过程有关的基因，以及碳水化合物和脂质代谢过程中重要的酶和转运蛋白相关基因。
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在癌组织中，与野生型DNA序列的高含量相比，体细胞突变往往只是微乎其微的量。在这样一个大量野生型等位基因存在的背景下检测这些稀有突变是相当具有挑战性的。
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