蛋白指纹图谱(SELDI)实验技术服务.doc

北京伯奥克生物技术有限公司蛋白指纹图谱SELDI实验技术服务

一、简介：
北京伯奥克生物技术有限公司拥有较为成熟的SELDI-TOF-MS技术，用于快速而有效地对蛋白样品进行分离、处理、数据分析和鉴定；建立蛋白质组数据库、发现疾病的相关蛋白和具有重要应用前景的生物标记分子、建立疾病的早期诊断和治疗监测方法。中心拥有的大规模基因组学测序与研究平台和生物信息学技术平台是蛋白质组学研究的重要保证。我们依靠中心实验室内所有的仪器，为广大科研工作者提供先进的服务——蛋白质样品SELDI-质谱-数据处理分析。

二、设备仪器：
Ciphergen? SELDI-TOF-MS (Surface Enhanced Laser Desorption Ionization, time-of fight mass spectrometry)表面加强激光解吸电离飞行时间质谱仪(蛋白质指纹图谱仪)
ProteinChip SELDI系统用于从大量复杂生物学样品中快速获得蛋白质分子量图谱，发现Biomarker。它使用表面增强的激光解吸离子（Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization）技术来捕获、检测和测量复杂生物样品中的肽段和蛋白质的分子量。
Bruker Daltonics  solarix? FTMS
solarix—— 新一代杂联Qq-FTMS系统，体现了质谱能力与扩展性能核心技术提高的顶峰。这些技术提高包括：超高的灵敏度 、无可匹敌的质量准确度和宽谱分辨率 、宽范围结构解析工具包括电子转移解析(ETD) 、扩拓的质量范围 、选择性离子富集和强化的动态范围 、针对应用的优化解决方案包。solarix 系列代表了最新的FTMS，是目前市场上最灵敏、最准确、最高分辨力和最宽动态范围的仪器。 solarix 家族也拥有无与伦比的兼容性和超出其他所有仪器的客户定制能力，可与ETD等多种配件结合使用。

三、测试范围：
针对血清、血浆、体液、组织、真菌、细菌、细胞培养物以及植物等样本的差异蛋白质组研究，以蛋白质芯片为载体，通过对目标疾病样本组及对照组之间进行鉴定，以期找到能够区分不同组别的差异峰，并通过对差异峰进行蛋白质鉴定，期望找到与目标疾病密切关联的基因/蛋白

四、蛋白质芯片操作流程图
SELDI蛋白质芯片的使用包括四个步骤：
步骤一：芯片类型的选择
蛋白质芯片提供了多种色谱的功能，包括亲水、疏水、阳离子交换、阴离子交换以及金属亲和表面等。此外，通过共价偶联选定的蛋白质或者其他目标分子，可以对芯片表面实现预活化，从而设计出具有更高针对性、特异性的芯片。
步骤二：上样
血清、细胞或者组织的裂解液、尿、脑脊液，或者其他蛋白质匀浆液等复杂的生物学样品——包括那些含有高浓度盐离子和去垢剂的样品——都可以直接上样于蛋白质芯片表面。样品通过手工加样或者自动上样仪进行点样。复杂蛋白质样品中的一个特定亚群将通过简单的化学作用或者蛋白质相互作用被芯片捕获。
步骤三：未结合成分的洗脱
孵育后，未结合的蛋白和其他成分从芯片表面洗脱掉。只有那些特异性结合的蛋白质才保留下来用于进一步的分析。这种选择性的洗脱进一步选取基于芯片特色的蛋白质集合。
步骤四：在SELDI蛋白质阅读机上进行分析
在洗脱步骤之后，点加上含有能量吸收分子（EAM）的有机溶液。EAMs对样品的离子化起关键作用。在蛋白质溶解到含有EAM的溶液之后，溶液挥发掉，在芯片表面形成蛋白质和EAMs的共结晶。
芯片在SELDI阅读机上进行分析，后者是一种时间飞行质谱。芯片阅读机内有一个氮源的激光器，导致离子化和解吸附过程的产生。激光能量诱导蛋白质离子化以及从晶体态到气态的转变。
一旦进入到气态，带电蛋白质分子在一个分离电压作用下迅速地运动，或称“飞行”。分离电压对样品中所有的分子具有相同的作用，使之表现出基于分子量差别的不同飞行时间。SELDI阅读机记录下这些飞行时间，换算成分子量。

五、送样须知：
1、样品来源：以血清为例，采集临床病人及正常人血清，并做好临床资料的收集。采样数量每组30例以上（统计要求），一般情况下病人样品与正常人样本相等，也可以病人样品略多于正常人。其他标本（如组织细胞裂解液）请自行蛋白浓度测定后送检。
 2、寄送要求：蛋白质条带和干粉冰袋包装寄送，蛋白质溶液干冰或液氮包装寄送，请告知运单号我们会安排专人接收。北京本地客户可上门收样。
注：样本应避免各类污染和反复冻融。

六、检测报告：
从收到样品起5个工作日内可给出样品的检测报告，以电子邮件的形式发给您并附带检测结果分析。包括结果有：质谱图原始数据、肽段分子量、数据库检索结果； 基于SPSS和BPS分析软件对实验得出的原始质谱数据进行分析，分析项目包括原始数据的分布情况分析、差异峰的筛选、聚类分析、主成分分析（PCA）、疾病预测模型的构建及差异峰所对应的蛋白的生物信息学鉴定六个项目，以充分挖掘原始数据中有价值的信息

七、实验周期及收费标准：
 项目 单价 周期
1 SELDI蛋白质芯片表达谱 300元/例 5个工作日
2 Qq-FTMS蛋白鉴定 15000元/个 90个工作日
 
八、质量承诺：提供客观的蛋白质质谱分析实验结果，鉴定不成功不收取任何费用。实验结束后所有实验原始数据均由客户带回，所有相关知识产权归客户所有。 
 
九、成功案例
蛋白芯片技术筛选肝癌血清标志蛋白的初步研究 郑燕华  李宁  张建中 《中华检验医学杂志》 2005年06期
SELDI-TOF-MS在肿瘤性胆囊息肉样病变诊断中的作用 作者:李永哲,胡朝军,李宁, <<中华外科杂志>>2008年 第46卷 第7期
血清蛋白质指纹图谱模型在肾癌诊断中的应用 邓碧萍.李宁.王彭 [期刊论文] -中华泌尿外科杂志2006(8)
应用SELDI质谱技术筛选胰腺癌患者的血清标志蛋白A screening for specific biomarkers in serum of pancreatic cancer patients by SELDI technology 作者:胡朝军,李宁,刘永锋,《中国普通外科杂志》CHINESE JOURNAL OF GENERAL SURGERY 2008年 第03期
血液蛋白质组与质谱仪检测流程标准化初探 刘建栋 李永哲 李宁 《基础医学与临床》  ISTIC SCI PKU 2007 27(2)  R341 R446-33 
电离-飞行时间-质谱技术分析免疫大鼠血清和脑脊液的变化 李宁 李永哲 高扬《中国神经免疫学和神经病学杂志》2008年第1期
癌胚抗原阴性的结直肠癌检测和结直肠癌预后相关生物标记 屠世良.郦卫星.李宁. 《基础医学与临床》2007(08)
应用蛋白指纹图谱技术筛选原发性胆汁性肝硬化患者血清特异性标志物  胡朝军 李永哲  李宁 《世界华人消化杂志》2008年1月28日第16卷第3期
应用蛋白质组学技术对脂肪肝患者血清标志物的筛选  颜怀军 陈兆军 李宁 《世界华人消化杂志》 2008年12月8日;16(34): 3904-3909
蛋白芯片联合SELDI-TOF-MS在卵巢癌诊断中的应用  顾蓓 李艳 李红霞 《山东医药》 2009 49(18) 
痰瘀互结证冠心病模型的病理机制及方证相应基础研究 李欣志 《中国中医科学院》  CNKI:CDMD:1.2008.200957
Serum methylated proteins as a novel method to differentiate hepatocellular carcinoma from hepatitis B induced chronic liver disease.Licheng Dai, Shangxian Gao, Jiandong Liu, Chuanding Yu, Ning Li, Peng Wang, Chunhai Li, Proc Amer Assoc Cancer Res, Volume 47, 2006
Serum protein fingerprint of patients with pancreatic cancer by SELDI technology.Ning Ma, Chun-lin Ge , Feng-ming Luan, Dian-bo Yao ,Chao-jun Hu   Ning Li   and Yong-feng Liu  Chinese Journal of Cancer Research  Volume 20, Number 3 / 2008
Screening of serum biomarkers in hepatocellular carcinoma by SELDI technique:a preliminary study.ZHENG Yan-hua, ZOU De-wei, FENG Kai, CUI Yan, ZHANG Ming, LI Ning, XU Yang, ZHANG Jian-zhong, Chinese Journal of Laboratory Medicine;2005-06
Serum proteomic fingerprintings as a novel reference pattern to distinguish cancer from non-cancer in early stage and monitor cancer prognosis: A multi center three-year study in China. Shangxian Gao, Xiaohang Zhao, Ning Li and Zhenhua Yang ,Proc Amer Assoc Cancer Res, Volume 46, 2005
MALDI-TOF MS combined with magnetic beads for detecting serum protein biomarkers and establishment of boosting decision tree model for diagnosis of systemic lupus erythematosus Zhuochun Huang, Yunying Shi, Bei Cai, Lanlan Wang, Yongkang Wu, Binwu Ying, Ning Li , Chaojun Hu and Yongzhe Li Rheumatology 2009;48:626-631
Promising Diagnostic Biomarkers for Primary Biliary Cirrhosis Identi?ed With Magnetic Beads and MALDI-TOF-MS YONG-ZHE LI, CHAO-JUN HU, XIAO-MEI LENG,GUAN-FEI ZHAO, NING LI,  THE ANATOMICAL RECORD 292:455-460(2009)
Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Combined with Magnetic Beads for Detecting Serum Protien Biomarkers in Parkinson’s Disease Yao-Hua Li ,Jian Wang ,Xiao-Li Zheng, Yan-Li, Shun Yu ,Xin He,Piu Chan  European Neurology Eur Neurol 2011;65:105-111
Serum proteomic profiling analysis of chronic arsenic exposure by using SELDI-TOF-MS technology.Lijun Zhao,Yanhui Gao,Yanmei Yang,Yudan Wei,Yuanyuan Li,Hongqi Feng,Wei Wei,Yunpeng Ding,Dianjun Sun  Toxicology Letters 195 (2010) 155–160
Identification of serum biomarkers for lung cancer using magnetic bead-based SELDI-TOF-MS. Qi-bin SONG,Wei-guo HU,Peng WANG,Yi YAO Hua-zeng ZENG  Acta Pharmacologica Sinica 2011:1-6
Proteomic profiling in the sera of workers occupationally exposed to arsenic and lead: identification of potential biomarkers  Rihong Zhai, Suhua Su, Xin Lu, Ruiqing Liao, Xianmin Ge, Min He, Yuanjiao Huang, Sui Mai, Xi Lu & David Christiani,  BioMetals (2005) 18:603–613
Application of serum protein fingerprint in diagnosis of papillary thyroid carcinoma Jia-XiangWang, Jie-kai Yu, Li Wang, Qiu-Liang Liu, Jiao Zhang and Shu Zheng  Proteomics 2006, 6, 5344–5349
Diagnosis of gastric cancer using decision tree classification of mass spectral data  Yahui Su, Jing Shen, Honggang Qian, Huachong Ma, Cancer Sci | January 2007 | vol. 98 | no. 1 | 37–43
Prediction of chronic hepatitis B, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma by SELDI-based serum decision tree classiWcation  Jiefeng Cui ? Xiaonan Kang ? Zhi Dai ? Cheng Huang ? Haijun Zhou ? Kun Guo ?Yan Li ? Yu Zhang ? Ruixia Sun ? Jie Chen ? Yang Li ? Zhaoyou Tang ?Toshimasa Uemura ? Yinkun Liu  J Cancer Res Clin Oncol (2007) 133:825–834
Toward the Proteomic Identification of Biomarkers for the Prediction of HBV Related Hepatocellular Carcinoma Qing-Yu He, Rui Zhu, Ting Lei,,Mandy Y.M. Ng,John M. Luk, Pak Sham, George K.K. Lau,and Jen-Fu Chiu   Journal of Cellular Biochemistry 103:740–752 (2008)
An approach to the characterization of serum low-molecular weight proteins/peptides in liver injury using SELDI–TOF MS and factor analysis Xiaoli Liu a, Lanjuan Li a,Guoyi Zhang b, Guoping Sheng a, Wei Xu   Clinical Biochemistry 40 (2007) 1266–1271
Serum diagnosis of diffuse large B-cell lymphomas and further identification of response to therapy using SELDI-TOF-MS and tree analysis patterning Xing Zhang, Bo Wang, Xiao-shi Zhang Zhi-ming Li, Zhongzhen Guan and Wen-qi Jiang   BMC Cancer 2007, 7:235

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