利用甲基化核苷酸抗体对甲基化片段进行富集，然后利用Hiseq2000测序平台进行100PE测序，能够针对性的对甲基化区域进行深度的测序，分析基因组中高度甲基化的基因序列，在基因组整体水平上进行分析，研究与疾病或性状相关的差异甲基化区域。

一、技术优势：

检测范围广：覆盖整个基因组范围的甲基化区域。

高性价比：基于抗体富集原理的测序方法，可以较低的成本进行多样品间的全基因组DNA。甲基化差异分析，特别适用于大样本量的疾病表观研究。

二、标准信息分析内容包括：

1.MeDIP-seq序列与参考序列的比对。

2.MeDIP-seq序列数据在全基因组的分布趋势

    2.1 MeDIP-seq测序reads在全基因组上的覆盖深度

    2.2 MeDIP-seq测序reads在CpG位点上的覆盖深度

    2.3 MeDIP-seq测序reads在不同基因功能元件上的分布

    2.4 MeDIP-seq测序reads在不同GC含量区域中的分布

3.统计MeDIP-seq序列富集区域（peak）的信息；

    3.1 Peak扫描

    3.2 寻找Peak相关基因

    3.3统计Peak在不同基因功能元件上的分布

4.基于peak的多样品间差异分析

    4.1 分析各样品间的peak相关差异基因

    4.2 对各样品间的差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析