RAD-Seq

基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq，Restriction-site Associated DNA Sequence）是对与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA进行高通量测序，可大幅降低基因组的复杂度，降低建库和测序成本，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP位点，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。RAD-Seq尤其适合于大样本量的研究，可以为利用全基因组重测序技术做深度信息挖掘奠定坚实的基础。与传统芯片分型技术相比，RAD-Seq可以检测基因组上未知变异点中新的SNP，发掘新的和稀有的变异。RAD-Seq技术可广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化等研究，具有重大的科研和产业价值。

基于RAD-Seq的变异检测，利用RAD-Seq对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，可获得SNP、InDel等大量的遗传多态性信息，建立遗传多态性数据库，为后续揭示进化关系、功能基因挖掘等提供理论基础。

基于RAD-Seq的遗传图谱的构建，对酶切获得的RAD tag进行高通量测序，可以获得RAD tag上的SNP。可广泛应用于遗传图谱的构建，从而为后续的QTL定位奠定基础。

    基于RAD-Seq的群体进化分析，对物种的各亚种进行RAD测序获得基因组信息，通过与RAD tag组装出的参考序列或参考基因组序列进行比对，获得大量高准确性的SNP变异信息，以进化群体遗传学分析。

技术路线

技术流程

技术参数

样品要求

一、变异检测：

1. DNA样品量≥3 ug；

2. EcoRI（GAATTC）酶切；

3. 推荐测序深度≥1X/个（组装样本的测序深度≥5X）；

二、遗传图谱：

1. DNA样品量≥3 ug；

2. 测序深度：亲本2-5X，子代0.8X/个（F1、F2等临时性群体）0.6X/个（RIL、DH等永久性群体）；

3. 适用范围：单倍体或者二倍体物种，所有作图群体（F1、F2；RIL、DH等），群体大小在100个以上；

三、群体进化：

1. DNA样品量≥3 ug；

2. 测序深度：≥1X/个（组装样本的测序深度5X）

3. 适用范围：单倍体或者二倍体物种中不同亚群，各亚群间划分明显，同一亚群内的个体有一定代表性，每个亚群选取10个样本左右（动物≥10个，植物≥15个），总体不少于30个样本；

四、样品细则：

1. DNA样品：请提供浓度＞100 ng/μl，总量＞3μg的DNA，OD 260/280介于1.8-2.0之间，并确保DNA无降解，电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整，主带应在100kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留，对打断DNA样品带来非常大的困难，且很难去除，因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。

2. 植物样品：选取植物幼嫩组织，每个样品重量＞500mg，干冰或者液氮保存寄送。

3. 动物样品：要求新鲜动物组织，避免脂肪组织，每个样品重量＞50mg。对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样，对于珍贵物种请提供耳样、毛发（带毛根）等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后续拼接产生的影响，尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小，从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需，在保证量的前提下，应尽量减少采样个体的数量。提供组织样品应＞50 mg，尽量提供较多量，不同的物种DNA提取产量有差异。

4. 样品运输：送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封，样品请用干冰或者冰袋运输。干冰运输时间不要超过72小时；冰袋运输，时间最好不要超过24小时。样品保存期间切忌反复冻融。