二代测序
环境样品的宏基因组鉴定 微生物基因组测序 病原体检测 人类目标序列重测序 扩增子直接克隆测序（PCR产物） 传染病源快速鉴定 转录组研究 肿瘤基因组和突变
动植物基因组测序（de novo测序 进化分析 基因组图谱）
动植物基因组de novo测序也叫做基因组从头测序，是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序，然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装，最终获得该物种基因组序列图谱。
small RNA测序服务（illumina solexa高通量测序）
使用美国Illumina公司根据最新的测序技术研制而成的Solexa测序仪，该技术目前可在每一张芯片获取50G 的碱基数据，超过传统Megabace 测序仪近千倍的工作量，并大大降低了成本。
non-coding RNA测序
贝瑞和康用新一代测序方法进行non-coding RNA分析的优势：1）不依赖参考基因组； 2）更加全面的发现新的非编码RNA；3）能够知道链的方向性。